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Oryzias latipes réside dans des eaux peu profondes, stagnantes ou à courant très faible, riches en végétation aquatique et riveraine. Ces milieux, souvent caractérisés par des fonds vaseux ou sablonneux, incluent les étangs, les marais, les rizières inondées et les petits cours d'eau lents. L'espèce fréquente également les eaux saumâtres et les flaques côtières. Elle possède une forte tolérance aux variations de salinité.
 
Le Medaka est élevé comme animal de compagnie au Japon depuis les années 1600 et est devenu très populaire récemment. Il existe désormais plus de 400 variétés différentes. Les spécimens les plus rares peuvent coûter plus de 1000 €, tandis que les Medaka classiques sont vendus entre 3 et 20 € l’unité. En plus d’être des animaux de compagnie, ils sont également beaucoup utilisés dans le domaine de l’éducation. Dans les écoles primaires japonaises, on élève souvent des Medaka pour apprendre aux élèves à s’occuper des êtres vivants et à comprendre les cycles de vie.